鸡miR-10b-5p生物信息学及组织表达分析
[目的]通过预测靶基因、分析生物信息学和研究不同生长期组织表达的变化,探讨苏禽3号肉鸡在鸡肌肉生长发育中的作用。[方法]根据文献和miRBase检索脊椎动物的miR-10b-5p序列,通过Ensembl数据库查询和确定miR-10b-5p在基因组中的位置,并根据前体序列构建系统发育树。利用miRDB、microT和Target-Scan网络预测miR-10b-5p靶基因,并对目标基因的GO功能和KEGG途径进行分析,揭示miR-10b-5p的遗传功能。采用实时荧光定量PCR技术检测不同生长阶段的鸡,并探讨其在脑、小脑、垂体、下丘脑、胸肌、腿部肌肉、卵巢、心脏、肝脏、脾脏、肺和肾脏中的表达变化。[结果]在miRBase共检索到59种动物和59个miR-10b-5p序列,即每种动物只有一个miR-10b-5p形式。基因图谱分析发现,miR-10b-5p鸡位于2号染色体的HOX基因家族。对miR-10b-5p常见物种的分析结果表明,miR-10b-5p的成熟序列在物种间高度相似和保守。系统发育树分析发现,在哺乳动物中,miR-10b的灵长类、啮齿动物、鸟类和鱼类首先聚集成一个分支,然后聚集在一起,这表明miR-10b在进化过程中是保守的。靶基因预测发现miR-10b-5p有300个目标基因。GO功能分析表明,靶基因主要富集在基因表达、后调、转录因子复合和基调功能等。KEGG通路分析表明,目标基因主要富集在Wnt和p53的信号通路中。组织表达分析显示miR-10b-5p在所有组织中均有表达。在3日龄时,大脑、小脑、垂体、胸肌和腿部肌肉的miR-10b-5p显著高于心脏、下丘脑、肾脏和肺脏(P<0.05)。在90日龄时,miR-10b-5p的垂体、胸肌、腿部肌肉和大脑的含量显著高于其他组织(P<0.05)。与3日龄雏鸡相比,90日龄时垂体、胸肌和腿部肌肉的含量显著增加(P<0.05)。[结论]鸡miR-10b-5p在miRNA组织中广泛表达,miR-10b在进化过程中是保守的。它可能通过Wnt和p53信号途径调节肌肉细胞的增殖和分化,进而调节鸡肌肉的生长发育。