同时，许多民族的遗传结构也缺乏遗传分析，尤其是许多民族的遗传结构。在本研究中，Y染色体捕获和Illumina测序技术被用于通过定点复合扩增检测和直接计数法计算相关单倍群频率，该方法用于西南地区中三个孤立群体的男性无关个体样本，包括四川平武县的白马人、石棉县的木雅人和云南的景洪市，使用Past3.0软件，对PCA进行了主成分分析，并绘制了种群聚类树。对这三个群体的父系遗传结构进行了研究，并对其遗传亚结构之间的关系进行了讨论。本研究观察了云南的三种Y染色体单倍群，四川和白马人的四种Y染色体单倍群，以及木雅人的五种Y染色体单倍群。结果表明，白矮人与佤族亲缘关系最为密切，白马人和木雅人主要集中在D单倍群及其下游。研究表明，白马人和四川的父系关系最为密切，穆亚与昌都地区、藏族和林芝地区的父系关系最为密切。本文对不同群体的遗传结构进行了分析，丰富了我国孤立群体亲缘关系的研究成果。