芸薹属作物TT8基因鉴定与生物信息学分析

作者:陈镇; 何晓莹; 任静; 俎峰; 赵凯琴; 李根泽; 黄晓霞; 程小毛
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为了探索芸薹属作物TT8基因的序列特征和基因组组成,基于拟南芥TT8号基因种子序列,使用BLAST工具系统地鉴定了芸薹属作物(卷心菜、甘蓝、甘蓝型油菜、芥菜、黑芥)TT8同源基因,并对其核苷酸和氨基酸序列进行了比较和分析。结果显示,在芸薹属发现了七名AtTT8同源基因人,其中两人在甘蓝型油菜,一人在卷心菜,一人在甘蓝,两人在芥末,一人在黑芥。芸薹属七种TT8基因作物的基本理化性质、蛋白质和三级结构没有显著差异。氨基酸的序列非常相似,属于bHLH超家族,其中甘蓝型油菜和TT8同源拷贝分别与甘蓝和甘蓝密切相关。sgRNA分析在7个AtTT8同源基因获得了4个高度保守的sgRNA位点,推测其与TT8基因的功能高度相关。最后,本研究还分析了43份甘蓝型油菜种质材料的重新测序数据。在甘蓝型油菜TT8的两家同源基因中共检测到11个多态性位点,包括4个SNP和7个InDel,总频率分别为0.00109和0.00199,均位于5’UTR区。