目的是探索和田羊和策勒黑羊之间遗传规律的差异，筛选优良基因及其分子标记，促进新疆和南疆绵羊品种遗传资源的开发和利用。本研究选择84只健康成年和田母羊和41只策勒黑羊母羊收集耳组织，并添加75%酒精。以从酚氯仿法提取的DNA为原料，通过电泳和核酸检测器制备了Illumina　Ovine　SNP50芯片。Plink1.07用于控制基因组数据的质量。质量控制标准是将SNPs排除在外，检出率低于90%，等位基因频率（MAF）最低水平<5%，哈代-温伯格平衡P<110-6。这两个品种被分为PCA群体。在HapFLK分析了对应于P值前1%人口的SNPs，在候选基因通过绵羊基因组分析了GO和夏洛克·KEGG。结果表明：1）和田羊羊和策勒黑羊羊经过不同程度的繁育后，其遗传结构存在差异，但与藏羊群体相比，分化程度不高。2） 共获得167个候选基因。根据和田羊和策勒黑羊的生产性能差异，从基因组水平分析了这两个品种的遗传规律。通过基因组选择性清洗的方法，发现绵羊毛的生长相关基因包括KRT82和KRT84、发色相关基因Simaqian等、生长相关基因AMHR2、SP1、OARDACVR1B、ADIPOQ等，以及环境适应性相关基因Latova、ADIPOQ等，分析了和田羊和策勒黑羊不同生产性状的基因组水平差异。结果表明，两个品种在毛质性状、毛色和尾型上存在差异，而在繁殖相关性上差异较小。综上所述，本研究利用绵羊基因组芯片对和田羊和策勒黑羊的遗传结构进行了比较，寻找相关的优良基因，为南疆绵羊种质保护和分子育种提供参考。