猪CD163基因的单碱基编辑研究
目的是利用YE1-BE3-FNLS载体对猪的CD163基因进行c>T单碱基突变,形成TAA终止密码子,从而提前终止CD163基因的翻译。利用该网站,在第7外显子猪CD163基因中筛选了一个高效的sgRNA序列,使其与C5基因座一致,C5随后的两个碱基是AA,CAA与起始密码子和ATG之间的碱基是3的整数倍。FNLS载体的PCR扩增、CD163-sgRNA和YE1-be3-APOBEC-Cas9n-UGI片段在体外转录,形成CD163-sgRNA和APOBEC-Cas9n-UGI mRNA。猪卵母细胞体外培养并进行孤雌激活。显微操作仪将孤雌生殖胚胎注射到CD163-sgRNA和APOBEC-Cas9n-UGI mRNA。胚胎发育到囊胚期后,提取胚胎基因组。DNA对PCR扩增的单碱基编辑区进行了排序。结果表明,从49个候选sgRNA中成功地选出了一个CD163sgRNA,PCR成功地扩增了CD163-sgRNA和APOBEC-Cas9n-UGI的片段,注射到CD163-sgRNA和APOBEC-Cas9n-UGI mRNA的猪的孤雌胚胎发育到2~2个4细胞期。经过PCR扩增和产物测序,发现CD163基因第七外显子12个胚胎的预期位点C(num1479)大于t,单碱基编辑效率约为60%。CD163-sgRNA的偏离目标分析表明,在三个碱基不匹配的情况下,CD163sgRNA有五个偏离目标的区域。经PCR扩增和sanger测序分析,发现这五个区域没有C>t突变。在本研究中,我们使用YE1-be3FNLS工具在胚胎水平编辑猪CD163基因的单碱基,并成功地将该基因的第7外显子预期位点(num1479)C更改为t,从而使密码子CAA成为TAA,从而提前终止CD163基因的翻译。