为探讨发酵中草药对晚产蛋鸡肝脏和脂质代谢的影响，将480只体重相近、饲养管理水平一致的晚产蛋高山蛋鸡随机分为两组，每组4个重复，每个重复60只。对照组（GA组）饲喂基础日粮，实验组（GF组）饲喂基础日粮+4g/kg发酵中草药。实验结束后，解剖并杀死实验鸡。取肝脏观察其表面形态，取转录组测序的肝脏组织进行无菌处理。使用生物信息方法分析miRNA和靶基因的碱基偏好、差异表达预测和功能注释，构建miRNA－mRNA蛋白质相互作用网络，并通过实时荧光定量PCR验证转录组测序结果的准确性和可靠性。结果显示，对照组肝脏肿胀，边缘钝圆，颜色为蜡黄色。实验组肝脏轮廓光滑整齐，质地致密，呈红棕色。长度为18~24nt和26~29ntmiRNA第一个基本偏好为u，25个nt　miRNA的第一个基本偏好为a，30个nt　miRNA的第一个基本偏好为g。共筛选了14个差异表达的miRNA，包括4个上调的miRNA和10个下调的miRNA。筛选了208个差异表达的miRNA预测靶基因。大多数靶基因在GO项目中显著富集，如细胞增殖、有机氮化合物的生物合成过程、细胞增殖和转移酶活性的调节，主要参与烟酸和烟酰胺代谢、细胞因子与细胞因子受体的相互作用以及代谢途径等KEEG信号途径，14个差异表达基因均与靶基因相互作用。实时荧光定量PCR的结果与转录组测序结果一致。说明在日粮中添加发酵中草药可以有效改善产蛋后期蛋鸡肝脏中的脂肪沉积，并通过影响miRNA的表达来上调或下调肝脏中脂质代谢相关靶基因的表达，从而最终调节蛋鸡的脂质代谢水平。