广西新型鸭呼肠孤病毒流行毒株GX01-2020全基因组分子特征分析
作者:谢守玉; 刘惠心; 周媛; 熊陈勇; 施开创; 屈素洁; 苏文广; 温新瑞; 李媛; 李春英; 邓桂潮; 尹彦文
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为了了解广西新鸭呼肠孤病毒病毒(NDRV)的分子遗传学特征,通过RT-PCR扩增了整个基因组序列。经过克隆、测序和剪接,获得了一株NDRV全基因组序列菌株(命名为gx01-2020菌株)。结果表明,GX01-2020菌株的基因组为23353bp,分为10个片段,大小从1194bp(S4)到3958bp(L1)。同源性分析表明,Aristole-2020株的10个片段与ndrv代表株的核苷酸同源性最高,占86.2%~99.4%。其中,B片段核苷酸同源性最低的菌株是番鸭呼肠孤病毒(Muscovy duck呼肠孤病毒,MDRV),其他片段是鸡源呼肠孤病毒(CRV),表明不同片段的起源祖先并不完全相同。遗传进化分析表明,在遗传进化树的10个片段中,L2、L3的MDRV参考毒株和NDRV参考毒株a形成了两个进化分支,这两个分支与其他片段不同,表明不同片段与参考菌株之间的遗传关系不同。重组分析表明,Aristole-2020株的L1片段具有重组信号,重组亲本分别为北京MDRvj18株和福建DRVNP03株株。本研究丰富了NDRV基因库的相关信息,为广西地区ndrv的分子流行病学研究和制定有效的防控措施提供了一定的参考。