骨肉瘤潜在关键基因及相关通路的鉴定

作者:张懿明; 毛良浩; 江攀; 倪晨烈; 李建; 尹正宇; 仲新宇; 张兵; 李大鹏
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[目的]基于生物信息学方法分析骨肉瘤差异表达谱中的关键基因和相关通路]本研究使用基因表达综合数据库(GEO)中的两个芯片数据集(11414,GSE14359,GSE)筛选人类骨肉瘤样本和人类成骨细胞之间的关系,通过对基因本体论(Gene Ontology、GO)、京都和百科全书(Kyoto、KEGG)的基因和基因组进行富集分析,探索了潜在的生物功能。通过检索相互作用基因搜索工具(STRING)数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络,并进一步筛选关键基因。最后,使用Long术语结果和泛癌基因表达谱数据库(LOGpc)评估骨肉瘤关键基因的预后价值结果]中共在GSE11414和GSE14359共表达了111个基因,包括28个上调基因和83个下调基因。功能富集分析结果表明,它们主要富集于细胞外基质组织、整合素结合、糖胺聚糖结合、细胞外基质、p53含有胶原的信号通路和TGF信号通路。通过蛋白质相互作用网络分析筛选出10个关键基因。无复发生存分析证实thbs1和IGFBP3的高表达与骨肉瘤患者的不良预后有关。结论]本研究通过生物信息学分析构建了骨肉瘤的蛋白质相互作用网络,挖掘了与骨肉瘤发病密切相关的hub基因,这可能为骨肉瘤提供新的预后标志物和治疗靶点。