利用SSR创建中国北方黍稷资源DNA身份证
作者:胡玉璐; 姜百灵; 陈凌; 王海岗; 曹晓宁; 王瑞云; 乔治军
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本文以SSR标记为例,分析了中国北方黍稷种质资源的差异和联系,并根据不同的DNA基础制作了不同的DNA身份证,即构造字符串DNA分子身份证、条形码DNA分子身份证和二维码DNA分子身份证,从而为黍稷的资源管理和保护提供依据。用14对高基元SSR引物(4对6碱基和10对5碱基)构建了8个省份20种黍稷资源的分子身份证。用Power-Marker3.25和PopGen1.32软件计算遗传多样性参数,用ID-Analysis4.0优化引物组合。结果表明,在20份材料的10个位点上检测到10个等位基因。Shannon多样性指数指数(I)为0.7029(RYW7)~1.0880(ryw2),平均值为0.9588。观察到的杂合度(Ho)为0.500(RYW7)~0.8235(RYW12),平均值为0.686。有效等位基因变异(Ne)为1.6623(RYW7)~2.7923(RYW12),平均为2.4553。杂合度(He)的预期观测值为0.4113(RYW7)~0.6862(ryw2),平均值为0.6024。多态信息含量(PIC)为0.4886(RYW3)~0.7766(RYW8),平均值为0.6298。Nei的s基因多样性指数(Nei)为0.3984(RYW7)~0.6598(ryw2),平均值为0.5828。