目的：探讨RNA测序和小亚基核糖体RNA测序技术在急性溃疡性结肠炎（UC）葡聚糖硫酸钠（DSS）模型小鼠中的生物学基础。方法：将C57BL／6J小鼠随机分为正常对照组和模型对照组。DSS诱导小鼠急性溃疡性结肠炎模型。饮用2.5%DSS水溶液8天后，使用体重、疾病活动指数（DAI）、结肠长度苏木精伊红（HE）染色来评估建模。小鼠结肠组织通过高通量RNA测序，分析和筛选核心关键信号通路，并在Western　blot进行验证。收集肠道内容物进行进一步分析，探索对肠道微生物结构和功能潜在变化的影响。采用Spearman秩相关系数法分析肠道菌群与免疫炎症因子的相关性。结果：与正常对照组相比，模型对照组大鼠体重和结肠长度显著下降（P<0.05）01）。结肠组织病理损伤程度加重。转录组测序结果在NFb和TNF等关键信号通路中得到了丰富。与正常对照组相比，模型对照组中NF－B（p65）、IL－6、TNF和TLR4的蛋白表达显著上调（P<0.05或P<0.01）。结果与测序结果的表达趋势基本一致。与正常对照组相比，模型对照组肠道菌群的群落多样性和丰富度显著降低，乳酸杆菌和毛螺科等有益菌的群落已枯竭，埃希氏志贺氏菌、葡萄球菌等有害细菌富集（P<0.05或P<0.01）。有害细菌的富集与促炎细胞因子关键基因的表达和结肠炎免疫炎症途径呈正相关，而有益菌的变化与基因表达呈负相关。结论：DSS可能通过激活TLR/NF-B信号通路和TNF信号通路改变肠道菌群组成，免疫炎症因子的表达与肠道菌群之间存在一定的相关性。