目的研究呼吸窘迫综合征（RDS）和呼吸机相关性肺炎（VAP）新生儿机械通气时间与肺菌群多样性的关系。方法70例RDS新生儿气管插管，按是否合并VAP分为VAP组和对照组。在气管插管第1天至第5天收集两组儿童的痰样本，并进行细菌DNA提取、PCR扩增和变性梯度凝胶电泳试验。比较两组患者的肺菌群丰度和香农－维纳指数。结果VAP组的机械通气时间、拔管后吸氧时间、重复插管率和死亡率均高于对照组（P<0.05）。在VAP组的30名儿童中检测到36种菌株，主要在革兰氏阴性菌（72.22%）。第2~4天，VAP组的肺菌群丰度和香农－维纳指数均低于对照组（P<0.05）。结论RDS儿童在机械通气期间VAP的发生率较高。机械通气期间肺部菌群多样性的减少可能表明VAP的发生。