生态环境公益损害赔偿基金是指以环境公益为指导的生态环境损害赔偿基金和环境公益诉讼赔偿基金。目前，对生态环境公益损害赔偿基金的监管较为分散和混乱。通过整体监管路径解决存在的困境，将生态环境恢复成本、服务功能损失成本和惩罚性赔偿成本纳入整体监管范围，并根据不同阶段的资本属性构建分阶段的整体监管路径：在适用阶段，区分索赔情况，明确索赔重点，避免索赔重复，实现索赔互补，使用阶段由赔偿权利人指定的部门和机构安排和使用，使用模式应根据各种费用的不同特点分别考虑。