目的研究日本血吸虫感染和吡喹酮治疗期间长链非编码RNA（lncRNA）、微型RNA（miRNA）、信使RNA（m　RNA）之间的相互作用，并分析起调节作用的关键基因网络。方法110只C57BL／6小鼠随机分为对照组、感染组和治疗组。感染组和治疗组经腹补片感染日本血吸虫尾蚴后，分别于第3、6、8周取10只小鼠肝组织。治疗组在第8周后开始治疗，从治疗后第2、4、6、8和10周取10只小鼠的肝组织。从所有肝脏样本中提取Total RNA，并构建转录组文库进行全转录组分析。对差异表达基因进行了功能注释、基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）路径富集分析，结果发生了重大变化。肝脏样本在R语言使用Corrplot包和Himsc包装进行分析，在R语言使用MixOmics包和Himsc包装对miRNA-mRNAlncRNA进行分析。结果感染组和对照组的基因表达存在差异，分别有1176个基因、5270个差异表达基因和2682个差异表达基因差异表达的lncRNA基因。治疗组和感染组之间有1289个差异表达的miRNA基因、7个差异表达的mRNA基因和69个差异表达的lncRNA基因。治疗组和对照组之间有1210个差异表达的miRNA基因和4456个差异表达的mRNA基因2016年lncRNA基因差异表达。相关性分析在治疗组和对照组的基因表达之间表现出更高的相关性。主成分分析显示，感染组和治疗组之间存在显著的聚类。显著相关的基因主要集中在花生四烯酸代谢、异源分解代谢、不饱和脂肪酸代谢、异源代谢、长链脂肪酸代谢以及胆固醇代谢、酪氨酸代谢、亚油酸代谢、雷丁醇代谢和类固醇激素生物代谢等8条KEGG代谢途径。结论mRNA23座lncRNA（如Cyp2B9）和14座lncRNA（如Rmrpr）是基因调控网络的核心，可能在血吸虫病感染和吡喹酮治疗过程中发挥关键调控作用。9miRNA，如miR－8105，有可能被用作诊断血吸虫病感染的分子标记物。