绿色发展指标体系是衡量绿色发展过程、支持绿色发展决策的重要手段。但是，如果用同一个指标体系来衡量不同自然禀赋和发展阶段的地区，评价结论不仅不公平，而且不利于反映其自身的问题和需求。根据概念模型—体系框架—指标体系的思想，从主要功能区的角度提出了“框架一致、权重不同”的差异化绿色发展指标体系的构建方法，运用基于专家群决策的层次分析法确定了不同主要功能区绿色发展指标的权重，明确了不同地区绿色发展需要首先关注或解决的问题。基于长江经济带的绿色发展指标体系研究表明，长江经济带不同主要功能区的各种绿色发展目标和要素的重要性或优先级存在明显差异，应实施差异化的绿色发展评价和要求。