鸡let-7b在不同生长时期及不同组织中的表达及其生物信息学分析与靶基因预测

作者:黄正洋; 王钱保; 黄华云; 李春苗; 穆春宇; 黎寿丰; 赵振华
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为了探索let-7b在鸡不同生长期和不同组织中的表达规律以及生物信息学的特点,以苏禽3号肉鸡为实验材料,检测let-7b在不同生长期和不同组织中的表达变化。利用生物信息学工具分析了常见脊椎动物的let-7b序列特征和基因组定位,构建了系统发育树,并对目标基因进行了预测。结果表明,在鸡的大脑、心脏、胸部和腿部肌肉中,let-7b高于表达量,90日龄显著高于3日龄。let-7b位于1号染色体和基因间隔区。let-7b成熟的序列同源性的不同物种更高。进化树的分析结果表明,let-7b的鸡和鸟类属于同一类。靶基因预测分析共获得263名靶基因人。基因本体(GO)对获得的靶基因进行的功能富集分析表明,靶基因主要富集蛋白质泛素化、miRNA介导的翻译抑制和mRNA3’-非翻译区(3’-UTR)结合。KEGG途径分析发现,目标基因主要富集在丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、转化生长因子(TGF)途径和卵母细胞减数分裂。综上所述,let-7b鸡在组织中广泛表达,并在物种间保持保守。结合靶基因富集分析的结果,推测let-7b可能通过walma MAPK和TGF信号通路参与鸡肌肉生长和细胞增殖与分化的调节。