灌木柳耐盐SNP位点的快速鉴定与标记开发
作者:教忠意; 田雪瑶; 郑纪伟; 王保松; 何开跃; 何旭东
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[目的]快速鉴定灌木柳耐盐相关基因座,建立SNP标记,为灌木柳耐盐基因的早期鉴定和育种提供参考。[方法]以耐盐和敏盐灌木柳无性系为亲本,建立杂交组合。盐胁迫是为后代建造的,耐盐和敏盐混池分别是为后代建造的。通过SLAF-SEQ技术简化了亲本和混合池。基因组测序开发了多态SLAF标记,SNP-index法用于关联分析。对候选SLAF标签序列进行注释,并为SNP位点设计引物,并重新测序以进行验证。[结果]4个样本(包括2个亲本和2个混合池)的SLAF测序平均Q30值为94.36%,GC含量为39.39%,测序深度为48.57。测序共获得175468个SLAF标签,其中多态性标签25675个,占14.63%。在关联分析共筛选了18个与耐盐性状显著相关的SLAF标签,包括25个SNP基因座。功能注释显示,在Nt、NOG、夏洛克·KEGG和Swiss-Prot数据库分别有6个、4个、3个和1个标签序列的比对结果。重新测序结果表明,开发的10个SNP标记在耐盐个体和敏盐个体之间存在碱基替换,这与最初的SLAF测序结果一致。[结论]本研究利用BSA分析方法结合SLAF测序技术,可以快速有效地定位和鉴定目标性状,为柳树功能标记的开发和应用提供理论依据和技术支持。