在自然保护区管理体制改革之际，对自然保护区管理有效性的评价可以识别自然保护区面临的威胁和压力，确定自然保护区管理的优先顺序。基于保护区管理的快速评估和优先排序（RAPPAM），结合福建省省级形势优化管理评价指标体系，本研究对福建省9个地级市的53个自然保护区进行了管理有效性评价，确定了自然保护区面临的主要压力和威胁，分析保护区管理的优缺点，选择斯皮尔曼相关性分析，找出有利于减少保护区威胁的相关管理环节，为高山保护区管理的优先调整提供参考。结果表明：（1）高山自然保护区面临的主要威胁和压力是火灾、繁殖、虫害、环境污染和旅游业，其中环境污染和旅游业对保护区的影响较为严重。（2） 高山自然保护区系统的管理水平一般，存在区域差异。自然保护区存在许多问题，如多头管理、管理投资不足、缺乏管理实施计划等。（3） 根据斯皮尔曼的相关分析，改善保护区的管理流程和投资将有助于减少火灾、害虫和繁殖的威胁。环境污染和旅游威胁受到宏观经济发展、保护区和用地规划周边地区的严重影响。