用28对EST-SSR引物对北京、河南、陕西、广东和浙江8个自然种群的231个样本进行了基因组扩增。在此基础上，分析了供试群体的遗传多样性和遗传结构。结果表明，观察到的八个自然种群的等位基因数量接近有效等位基因数，平均值分别为3.2和1.6。Shannon的s多样性指数、观察到的杂合度、预期的杂合度、Neis基因多样性指数和多态信息含量的平均值分别为0.5127、0.2379、0.2769、0.2719和0.2436。总体而言，在八个自然种群中，广东-南岭国家森林公园（P7）种群的遗传多样性最高，河南嵩山地质公园（P5）种群的遗传多样性最低，八个自然种群中观察到的杂合度少于预期的杂合度。8个自然群体间的遗传分化系数为0，群体内和群体间基因流的贡献率分别为33.4%和55.8%。在测试群体中，P7群体与浙江西-天目山森林公园（P8）群体和其他六个群体之间的遗传相似系数相对较小，但遗传距离相对较大。Mantel检验结果表明，青榨槭种群之间的遗传距离和地理距离存在非常显著的差异（R2=0.5686，P=0.002）。UPGMA、聚类分析和STRUCTURE的分析结果表明，青榨槭的八个自然种群分为两个集群，其中P7种群和P8种群为一个集群，其他六个种群为另一个集群。综合以上研究结果，元宝枫自然种群具有较高的遗传多样性水平，其遗传分化主要存在于种群中，种群间的基因交换较少。受试群体存在一定程度的自交或近亲繁殖现象，群体容易下降。因此，应加强元宝枫自然种群的保护。