妨害传染病防治罪中的因果关系是指该罪的因果关系与实际损害结果之间的因果关系。在刑法中，传统的因果关系理论是相当因果关系说，它以一般的生活经验和科学证据法为基础。其目的是寻求可验证和确定的因果关系。由于传染病传播具有隐蔽性、复杂性和不确定性的特点，在妨害传染病预防控制罪中很难证明这种因果关系。为了解决司法困境，实现合理规制，可以将流行病学因果关系理论引入到犯罪因果关系的判断中，即利用统计概率理论和流行病学规律的原理来识别因果关系。基本判断逻辑是：第一步是确定行为和结果的时机。第二步是确定行为地点、活动轨迹和接触史的符合性。第三步是确定因果关系的规律性。在实践中，应尽可能实现司法判决的规范化和精细化。