[目的]了解舟山海域不同功能区高山细菌和异养细菌的时空分布。[方法]2017年冬、2018年春，夏季、秋季在舟山岛沿岸不同功能区选取6个典型站位，采集表层海水，采集样本24份。利用流式细胞仪技术检测高山细菌和异养细菌的丰度，分析相关环境因素及其时空分布特征。[结果]浮游病毒（Viruses、Vir）的季节分布为：夏季>秋季>冬季>春季；异养细菌（HBBacteria）的季节分布为：夏季>春季>秋季>冬季。相关性分析表明，在春季，浮游病毒和异养细菌与pH有显著的正相关关系，与化学需氧量（COD）有显著的负相关，浮游病毒和浮游病毒与异养细菌（VBR）之间的相关指数有显著的正相关关系。夏季，异养细菌和叶绿素a（Chl-a）与COD呈显著负相关。秋季、冬季，浮游病毒与Chl-a呈正相关，异养细菌与pH、正相关呈负相关，与sio32-和COD呈显著负相关。[结论]舟山近岸水域浮游病毒和异养细菌的丰度可以直接或间接反映水体的污染情况，可以作为检测水体污染的指标之一，为舟山不同功能区水域的生态环境保护提供参考，为更全面地研究舟山沿海水域的生态环境提供基础数据。