为了探索导致莱芜猪不同地区脂肪沉积差异的关键基因，以180天龄体重相近的莱芜猪为实验对象，确定了肌肉内脂肪（intramuscularfat、IMF）和皮下脂肪（subcutaneousfat、SCF）的表达谱。在差异表达基因对基因本体论（gene　ontologyGO）和京都基因和基因组百科全书（KyotoKEGG）进行了功能富集分析，构建了蛋白质与表达量前300名mRNA的平均相互作用网络，筛选了关键调控基因，并分析了关键基因和蛋白质结构的序列，探索基因结构与功能的关系，最后随机选取6个mRNA进行验证。在SCF的IMF和中共发现了1665个差异表达的mRNA，其中888个上调，777个下调。GO的结果表明，mRNA在信号通路调节的生物功能（biological　process、BP）、由生物膜组成的细胞组成（cellular　component、CC）和细胞代谢过程中由酶活性调节的分子功能（molecular功能，MF）方面有显著的丰富。KEGG富集的研究结果表明，差异表达基因主要参与脂肪生成、炎症和癌症相关信号通路。蛋白质互作网络和基因序列蛋白质结构分析结果表明，CXCR4、PECAM1、PLAu、AGT、AKT2、HSP70.2、CDC42、POSTN等基因可作为调控IMF的关键基因。q-PCR验证结果的趋势与测序结果的趋势一致，证明测序结果真实可靠。通过比较IMF和SCF的转录组差异，发现AGT、CXCR4、HSP70.2和PLAU基因在莱芜猪IMF的沉积和脂质代谢中起着关键作用，可作为候选基因调节IMF