目的探讨C反应蛋白（CRP）基因与rs1800947、rs1205、rs2794521、白细胞介素－6（IL－6）基因与rs1800795、rs1800796、rs2069827和代谢综合征（metabolic　syndrome、MS）的多态性相互作用关系。方法选择376例MS患者为病例组，408例健康人为对照组。采用问卷调查、体格检查和临床生化指标进行调查。SNP-stats软件用于分析CRP、IL－6基因位点和MS之间的关系。SHEsis软件分析了CRP、IL－6基因、连锁不平衡的六个基因座与单倍型和MS的关系。GMDR0.7软件分析了CRP和IL－6基因的六个位点相互作用对MS的影响。结果调整性别和年龄后，两组间基因型分布无显著性差异（P>0.05）。在CRP和IL－6基因的六个地方之间有连锁不平衡。6个位点组成的g-t-t-g-c-g单倍型差异有统计学意义（P<0.05），其他单倍型与MS疾病无显著相关性（P>0.05）。CRP和IL－6基因由6个位点组成的双因素、三因素、四因素、五因素和六因素交互作用模型均与MS相关（均P<0.05）。其中，六因素交互模型是最好的交互模型（OR=2.266，2.95%CI=1.666 9，3.081 1 1），训练平衡的准确性为0.597 2，交叉验证的一致性（CVC）为10/10，对MS疾病的影响最大。结论CRP基因rs1800947、rs1205、rs2794521和IL－6基因rs1800795、rs1800796和rs2069827之间可能没有显著相关性，但这六个位点之间的相互作用可能会增加MS疾病的风险。