为了探索miRNA及其在青稞籽粒灌浆期的表达特征，以糯青稞08-1127和非糯青稞藏青2000为研究对象，分别构建了开花后8、12、16和20天籽粒样品的小型RNA文库。从2份青稞材料中鉴定出298名已知miRNA和78名新miRNA。表达分析表明，“08-1127”和“藏青2000”在谷物发育的四个阶段分别有133和144个miRNA差异表达。71miRNA在08-1127和藏青2000中有不同的表述。GO功能注释表明，差异表达的miRNA靶基因参与代谢和细胞反应等生物过程，其分子功能主要是催化活性和结合。KEGG途径分析表明，目标基因参与环境适应、翻译和次生代谢物生物合成等18条途径。本研究为分析糯青稞和非糯青稞籽粒发育的分子机制提供了参考。