首都北京在高校、科研院所等创新资源方面具有突出优势，在创新型国家战略中发挥着重要作用。然而，首都北京的光环掩盖了“城市北京”的创新能力。北京市大学和科研机构对城市创新的真正贡献尚未衡量。本文以2009-2018年31个省（市）的数据为基础，采用倾向得分匹配法，识别北京市科研机构与类似城市创新能力的差异。在此基础上，本文运用面板阈值模型探讨了导致“能力相似城市和不同创新圈”的外部环境因素。结果表明：（1）剔除国家科研机构后，北京市科研机构的创新产出绩效仍高于同类城市。（2） 城市宜居水平和高层次人才集聚水平对市级科研机构的科研绩效具有明显的阈值效应，两者的突破都会显著提高科研绩效。（3） 产业结构对市级科研机构科研绩效的门槛效应不稳定。上述结论提醒决策者在招聘人才和吸引人才的过程中，要注意看似间接的环境因素，营造有利于创新的氛围。