目的了解2019年上海市松江区手足口病（HFMD）病原体中a组肠道病毒（EV）VP1基因特征。方法采用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）对手足口病疑似病例标本进行检测。将EV阳性标本接种人横纹肌肉瘤细胞（RD）进行病毒培养。VP1区基因测序后，使用MegaX软件对分离的a群EV进行系统发育分析和核苷酸和氨基酸同源性分析。结果2019年共检出手足口病标本207份，其中检出EV、柯萨奇病毒（CV）-A6、CV-a16、CV-a10和CV-a4阳性188份，分别为47.34%（89/188）、41.49%（78/188）和3.5%（3/188），分别为72%（7/188）、2.66%（5/188），其他EV阳性率为4.79%（9/188），无检出EV-a71。夏季手足口病流行高峰（5月至7月）在检出B1基因型cv-a16、B1a和B1B的进化分支中更为常见，第二个高峰在秋季和冬季（9月至12月）在检出d3a的进化分支中更为常见。Cv-a10和Cv-a4为散发性，属于C2基因亚型。与原型菌株相比，cv-a6、cv-a16、cv-a10和cv-a VP1基因的核苷酸（氨基酸）序列同源性分别为79.22%~81.78%（95.97%~97.19%）、62.70%~65.54%（90.10%~91.30%）、81.76%~82.65%（91.63%~92.03%）和81.09%~81.79%（97.27%~97.67%）。结论手足口病病原体的多样性和复杂性增加了手足口病防治的难度。扩大EV监测项目和分子流行病学研究有助于手足口病的预防和控制。